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我々が暮らす日常とは、似て非なる世界、しかし、どこか異質で不気味な雰囲気を漂わせる大都会の喧騒。そこは、われわれの住む世界とは異なる世界である。この世界では街中に張り巡らされた無数のモニタが政府の意図を伝え、様々な情報を与える。市民はその情報によって支配されている高度な管理社会である。
そして、この世界では既に、宇宙から様々な未知の生命体・エイリアンが侵入していた。彼らは、人間に擬態する能力があるものもいれば、物質や風景に溶け込み、街に潜んでいるものもいる。人間の言語を解するものもいれば、全く異なるコミュニケーション手段を用いるものもいる。
しかし、彼らの中には地球を侵略、さらには人類滅亡の機会を伺っているものもいるのだ。宇宙からの侵略者からこの世界を防衛するために最先端の科学を駆使した特殊捜査チーム“ＤＥＵＳ（デウス）”が結成された。ＤＥＵＳに所属するエージェントたちは、普段は街に溶け込み、一般市民として日常生活を送っているが、事件が起きれば指令を受けて現地に急行。数人のチームを組んでミッションを遂行する。エージェント同士も本名は明かさず、コードネームで呼び合う。
果たして、この世界は何なのか？そして、そんな世界を救うべく現れた赤い巨人“ULTRASEVEN X”とは一体何者なのか？ それが全話を貫く大きな謎である。
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この物語の主人公・ジンは、「ＤＥＵＳ」のエージェントである。しかし彼には、以前の記憶が全くなかった。自分はなぜ、ここにいるのか。なぜ、ジンというコードネームで呼ばれているのか。そもそも、自分は誰なのか――。
だが、考える暇もなく、彼はエイリアンとの戦いに巻き込まれていく。謎の女・エレアから手渡された赤い眼鏡型のアイテムは何なのか？
やがて彼は、すべての真実を知ることになるのだが……。