地球に浸入したエイリアンを探し出し、密かに抹殺する国家的組織ＤＥＵＳ（デウス）。
そのメンバーたちは“隊員”ではなく、“エージェント”と呼ばれている。オリジナルのウルトラセブンにおけるウルトラ警備隊のような特定の基地や揃いの隊員服はなく、エージェントたちは一般市民に紛れて世界中に散らばっているのだ。
彼らの武器は、様々な機能を備えた万能型通信機＝ＶＣ（ビデオシーバー）と小型エネルギー銃＝ウルトラガン。
いざ指令を受けると現場へと赴き、複数のエージェントが共同でミッションを遂行するのである。
果たして、ＤＥＵＳの本部はどこにあるのか？ 声のみで姿を現さない司令官の正体は？ それらが謎に包まれている点も、オリジナルの『ウルトラ警備隊』との大きな違いである。
アイテム
ＶＣ（ビデオシーバー）
ＤＥＵＳと局員たちを繋ぐ通信をメインとしたアイテム。
機能は様々。バリア、瞬間移動など。
ウルトラアイ
ジンがウルトラセブンＸに変身する時のアイテム。
ウルトラガン
ＤＥＵＳ局員たちが携帯する小型銃。
宇宙人との戦闘にカスタマイズされたレーザー銃である。